Nationaloperans och -balettens verksamhet styrs av Stiftelsen för Finlands nationalopera och -balett. Stiftelsens organ består enligt stadgarna av en styrelse och ett förvaltningsråd, samt en verkställande direktör som benämns chefdirektör.
Styrelsen ansvarar under sitt treåriga mandat enligt lagen om stiftelser för användningen av Nationaloperans och -balettens medel, utnämningen av chefer samt strategin och repertoarpolitiken. Förvaltningsrådet har till uppgift att övervaka stiftelsens förvaltning, fastställa verksamhetsberättelsen och bokslutet samt upprätthålla samhällsrelationerna.