Suomen kansallisoopperan ja -baletin pääjohtajana toimii Gita Kadambi. Hänen tehtävinään ovat toiminnan ja hallinnon johtaminen, budjetin seuranta, hallitusyhteistyö sekä työntekijöiden rekrytointi ja palvelussuhdeasiat. Oopperan taiteellinen johtaja on Thomas de Mallet Burgess ja baletin taiteellinen johtaja Javier Torres. Taiteelliset johtavat vastaavat ohjelmiston suunnittelusta ja taiteellisen laadun valvonnasta. Viestintäjohtaja Liisa Riekki vastaa talon ulkoisesta viestinnästä, myynnistä ja markkinoinnista sekä asiakaskokemuksesta. Oopperatalon tuotantojohtaja on Timo Tuovila. Hänen tehtäviään ovat muun muassa tekniikan ja kiinteistön johtaminen sekä teosvuokraus.
Johtoryhmään kuuluvat myös talouspäällikkö Ulla Paavola, henkilöstöpäällikkö Hanna Fontana ja päälakimies Anita Prusila.