Suomen kansallisoopperan ja -baletin hallitus vastaa säätiön varojen käytöstä, johtajien nimityksistä, strategiasta ja ohjelmistopolitiikasta. Opetus- ja kulttuuriministeriö nimeää kolmivuotiselle toimikaudelle hallituksen puheenjohtajan ja 4 jäsentä, ja Helsingin, Espoon ja Vantaan kaupungit nimeävät yhteensä 4 jäsentä. Lisäksi hallituksessa on 3 henkilöstön nimeämää edustajaa.
Kokoonpano hallintoneuvoston varsinaisesta kokouksesta 2016 varsinaiseen kokoukseen 2019
Opetus- ja kulttuuriministeriön nimeämät
Toimitusjohtaja Leena Niemistö, puheenjohtaja
Johtaja Leif Jakobsson
Talousjohtaja Pekka Pajamo
Henkilöstöjohtaja Kerttu Tuomas
Kansanedustaja Jutta Urpilainen
Espoon kaupungin nimeämä
Toimitusjohtaja Jaana Jalonen
Helsingin kaupungin nimeämät
DI Matti Hirvikallio
Johtaja Mari Puoskari
Vantaan kaupungin nimeämä
Senior Advisor Tapani Mäkinen
Henkilökunnan läsnäolo-oikeutetut edustajat (läsnäolo- ja puheoikeus, ei äänivaltaa)
Orkesterimuusikko Timo Pulakka
Näytäntötyöntekijä Kalle Rannikko
Balettitanssija Jouka Valkama
Hallituksen esittelijä
Pääjohtaja Päivi Kärkkäinen
Hallituksen sihteeri
Päälakimies Anita Prusila