Nationaloperans och -balettens verksamhet styrs av Stiftelsen för Finlands nationalopera och -balett, vars stadgeenliga organ består av en styrelse och ett förvaltningsråd. Styrelsen ansvarar under sitt treåriga mandat enligt lagen om stiftelser för användningen av Nationaloperans och -balettens medel, utnämningen av chefer samt strategin och repertoarpolitiken. Förvaltningsrådet har till uppgift att övervaka stiftelsens förvaltning, fastställa verksamhetsberättelsen och bokslutet samt upprätthålla samhällsrelationerna.